Urodził się w Wiedniu. Okultyzm, ariozofia, neopogaństwo i inne nauki tajemne pojawiły się w kręgu jego zainteresowań już w młodości. Dziadek miał go wprowadzić w np. temat run. Działalność nastawioną na szersze grono odbiorców rozpoczął dopiero w 1908 roku, publikując pierwsze teksty. Na długo przed ucieczką do Niemiec, do której doszło w 1932 roku, został umieszczony w zakładzie psychiatrycznym, gdzie spędził trzy lata- 1924-1927. Sąd stwierdził, że jest niezdolny, aby kierować swoim życiem. W tle pojawiły się również zarzuty o przemoc domową czy groźby.
Rok później poznał Heinricha Himmlera i wstąpił do SS, przyjmując pseudonim Weisthor. Nie został on wybrany przypadkowo. Oznaczał on imię legendarnego kapłana, maga i króla, znanego z mitologii nordyckiej. Wiligut uważał się za jego prawowitego potomka, a w linii prostej cały jego ród miał pochodzić bezpośrednio od Asów- głównej dynastii skandynawskich bogów. Podobno każdy nowy męski potomek rodu był inicjowany w jego tajemnice. Pod okiem ojca, Wiligut miał przejść taką inicjację w 1890 roku, a polegać miała ona na chociażby reinkarnacji duszy Weisthora w ciele okultysty. Jasnowidząca pamięć przodków, którą, jak twierdził, został obdarzony pozwalała mu znać dzieje i doświadczenia jego plemienia na przestrzeni tysięcy lat. Powołując się na nią głosił, iż historia Germanów jest o wiele dłuższa niż dokumentowali historycy, chrześcijaństwo ma aryjskie korzenie i to z nich wywodzi się Krist, „przejęty” wbrew faktom przez tradycję żydowską oraz chrześcijańską w osobie Chrystusa. Według Wiliguta te dwa nurty prześladowały również jego przodków, więc został zagorzałym antysemitą. W czasie pobytu w Salzburgu założył nawet ligę antysemicką, ale na tym nie ograniczał swojej działalności w tym zakresie.
Wiedza na tematy okultystyczne wywarła na Himmlerze ogromne wrażenie, a dzięki temu on sam błyskawicznie awansował. Karierę zaczął od prowadzenia badań prehistorycznych w SS, oficjalnie był jednak naczelnikiem Wydziału Prehistorii i Wczesnej Historii Głównego Urzędu Rasy i Osiedlenia SS. W 1934 roku osiągnął stopień SS-Oberführera, przejmując funkcję kierownika Sekcji VIII (Archiwa) w Głównym Urzędzie Rasy i Osiedlenia. SS. Już dwa lata później został SS-Brigadeführerem w osobistym sztabie Himmlera. Co ciekawe, w czasie działalności badawczej niejednokrotnie wpadał w konflikty z naukowcami z Ahnenerbe, jednak jego silna pozycja gwarantowała mu nietykalność oraz przychylność zwierzchnika. Na jego korzyść działał też szeroki krąg znajomych okultystów na wszystkich etapach kariery. Dzięki temu stał za nietypowymi działaniami SS, które miały na celu odnalezienie germańskich korzeni. Możemy do nich zaliczyć chociażby słynną wyprawę do Tybetu czy losy Externsteine. W międzyczasie trafił do Berlina. Od tej chwili miał, nieformalny rzecz jasna, status osobistego i ulubionego mentora Himmlera w sprawach mitologii, będąc, podobnie jak szef SS, pod bardzo silnym wpływem nauk Lista i Liebenfelsa, jednakże trochę zmodyfikowanych.
To on stał de facto za wyborem zamku Wewelsburg na ideologiczną siedzibę nazistowskiej elity. Twierdził, że to miejsce odegra kluczową rolę w zwycięstwie Zachodu nad Wschodem. Przepowiadał w ten sposób historię, z którą Himmler się utożsamiał, a także rolę, jaką ten widział dla SS. Wiligut głosił również, iż to miejsce posiada świadectwa tradycji Germanów oraz ich pogańskiej religii. Tam dopiero mógł realizować swoje fantazje. Stworzył różnorakie ceremonie, między innymi ślubów czy chrztów, w pogańskim i nazistowskim obrządku. Często przewodniczył im osobiście. Był projektantem słynnego pierścienia z trupią czaszką, wręczanego wyróżniającym się esesmanom. W ornamentyce nawiązał między innymi do własnych tradycji. Zaprojektował też kilka innych przedmiotów. Wprowadził również runy do nazistowskiej symboliki.
W międzyczasie tworzył również różne drobiazgi. Najważniejszym okultystycznym projektem, który stworzył, był plan przywrócenia w Niemczech religii irministycznej. Cały jego wysiłek poświęcony był próbie odkrycia starodawnej kultury pogańskiej i germańskiej.
W 1939 roku, wskutek działalności nieprzychylnych mu oficerów, tajemnica Wiliguta ujrzała częściowe światło dzienne. Fakt pobytu w szpitalu psychiatrycznym, dodatkowo spotęgowany problemami z alkoholem i ze zdrowiem, a przede wszystkim wywierana presja na szefa SS oraz jego obawa o swoją pozycję, zmusiła go do zaakceptowania odejścia przyjaciela z szeregów SS. Do dziś nie wiadomo czy Wiligut odszedł dobrowolnie. Wiemy jednak, że Himmler był aż tak do niego przywiązany, że po jego odejściu zażądał zwrotu wszystkich jego rzeczy i sam z wielkim sentymentem zamknął je pod kluczem, a z jego zdaniem liczył się nadal. W czasie wojny powrócił do Austrii. Po niej zaś znów do Niemiec, gdzie zmarł.