Litwa, Łotwa i Estonia, a także ziemie dzisiejszej Białorusi dostały się pod niemiecką okupację w 1941 roku, po ataku III Rzeszy na ZSRR. Opanowaniem państw bałtyckich zajęła się Grupa Armii „Północ”, której celem było zdobycie Leningradu. Niemieccy planiści od początku chcieli wykorzystać lokalne konflikty narodowościowe i religijne, które od pokoleń tliły się na tych terenach, zwłaszcza spory polsko litewskie oraz łotewsko rosyjskie. Litwa, Łotwa, Estonia i część Białorusi weszły w skład utworzonego przez III Rzeszę Komisariatu Rzeszy Ostland, którego zwierzchnikiem cywilnym został Hinrich Lohse. Aparat terroru tworzyły struktury SS i policji dowodzone przez Franza Waltera Stahleckera, odpowiedzialnego między innymi za działania Einsatzgruppe A, która już w 1941 roku dokonała masowych mordów Żydów i przeciwników politycznych na terenach bałtyckich.

Litwa
Wojska niemieckie wkroczyły na Litwę w czerwcu 1941 roku. Armia Czerwona wycofała się w pośpiechu, a wielu Litwinów uznało Niemców za „mniejsze zło” i okazję do odwetu na Sowietach oraz Polakach. Szybko zaczęły powstawać litewskie formacje kolaboracyjne, w tym litewska policja pomocnicza i policja bezpieczeństwa Saugumas, które współpracowały z okupantem przy zwalczaniu polskiego i radzieckiego podziemia, a przede wszystkim przy eksterminacji Żydów. Litwini brali udział zarówno w pogromach, jak i w zorganizowanych egzekucjach. Szczególnie ponurą sławę zdobyły bandy uczestniczące w masakrze w garażach Lietūkis w Kownie oraz oddziały biorące udział w zbrodni w Ponarach pod Wilnem, gdzie w latach 1941–1944 zamordowano około 70 tysięcy osób, głównie Żydów, ale także Polaków i Rosjan.

Polska ludność była spychana na margines. Polakom ograniczano używanie języka polskiego, wypychano ich ze szkół i urzędów, a nabożeństwa starano się germanizować lub lituanizować, promując język niemiecki i litewski. Jednocześnie władze niemieckie obiecywały Litwinom odrodzenie państwowości, ale wyłącznie jako tworu podporządkowanego III Rzeszy. Na Litwie tworzono getta miejskie, między innymi w Wilnie, gdzie zamknięto dziesiątki tysięcy Żydów, a także liczne obozy pracy. Warunki życia nie różniły się praktycznie niczym od tych w Generalnym Gubernatorstwie: głód, brutalne represje, masowe egzekucje.

Działalność litewskich formacji pomocniczych i niemieckich oddziałów specjalnych wywoływała zbrojne reakcje polskiego podziemia, zwłaszcza Armii Krajowej. Gdy Armia Czerwona zaczęła ponownie wkraczać na Litwę, część litewskich oddziałów próbowała prowadzić grę na dwa fronty, występując przeciw Niemcom i Sowietom, a także lokalnym oddziałom AK. Po wojnie wielu z tych bojowników, nazywanych później „leśnymi braćmi”, padło ofiarą sowieckich represji, podobnie jak polskie podziemie.

Łotwa
Ziemie łotewskie zostały zajęte przez Wehrmacht na początku lipca 1941 roku. Podobnie jak na Litwie, część ludności łotewskiej przyjęła Niemców z nadzieją na odzyskanie utraconej w 1940 roku niepodległości i na zemstę za sowieckie deportacje oraz likwidację elit państwowych. Istotną rolę odegrała tu miejscowa mniejszość niemiecka, która już przed wojną odgrywała ważną rolę gospodarczą i polityczną. Na Łotwie szybko rozpoczęły się pogromy ludności żydowskiej i prześladowania Rosjan oraz komunistów, których obwiniano za sowiecki terror. Tworzono getta między innymi w Rydze, a także obóz koncentracyjny Salaspils, w którym więziono i mordowano tysiące osób, w tym Żydów, więźniów politycznych oraz dzieci z terenów okupowanych.

Łotysze chętni do współpracy z okupantem mogli wstępować do formacji policyjnych, pomocniczych oddziałów Wehrmachtu i Luftwaffe, a od 1943 roku także do Waffen SS. Powstał tak zwany Legion Łotewski, w którego skład weszły między innymi 15. i 19. Dywizja Grenadierów Waffen SS. Jednostki te walczyły z wielkim fanatyzmem przeciw Armii Czerwonej, broniąc między innymi tzw. kotła kurlandzkiego aż do kapitulacji w maju 1945 roku. W szeregach Legionu walczyło kilkadziesiąt tysięcy Łotyszy, świadomych, że w razie powrotu Sowietów grozi im łagier lub pluton egzekucyjny.

Część formacji łotewskich Waffen SS została rzucona także na inne odcinki frontu, między innymi na Pomorze czy w rejon Kołobrzegu, gdzie zasłynęły wyjątkową brutalnością wobec jeńców i ludności cywilnej. Jednocześnie, mimo silnej kolaboracji, na Łotwie działały również oddziały partyzantki antyniemieckiej i prosowieckiej, choć ich rola była mniejsza niż na Białorusi czy Ukrainie.

Estonia
W XIX wieku miejscowa ludność niemiecka odgrywała ważną rolę w kształtowaniu się estońskiej świadomości narodowej, a w czasie wojny o niepodległość w latach 1918–1919 oddziały ochotnicze złożone z Bałtów niemieckich wspierały Estończyków w walce z bolszewikami. W okresie międzywojennym Niemcy stanowili w Estonii istotną część elit gospodarczych i kulturalnych, a jednocześnie Estonia utrzymywała dość dobre relacje z Polską.

Po aneksji przez ZSRR w 1940 roku wielu Estończyków było wrogo nastawionych do nowych władz, zwłaszcza po fali aresztowań i deportacji. Gdy latem 1941 roku do Estonii wkroczyły oddziały Grupy Armii „Północ”, zostały powitane przez część ludności jako wyzwoliciele. Niemcy szybko utworzyli marionetkową administrację estońską, ściśle podporządkowaną Berlinowi, oraz lokalne formacje policyjne i wojskowe współpracujące z okupantem przy zwalczaniu partyzantki i eksterminacji Żydów.

Dopiero w 1944 roku rozpoczęto na większą skalę formowanie estońskich jednostek Waffen SS. Najważniejszą z nich była 20. Dywizja Grenadierów Waffen SS (1. estońska), w której służyło około 15–20 tysięcy Estończyków. Walczyła ona zaciekle przeciw Armii Czerwonej między innymi w walkach obronnych w Estonii i na terytorium dzisiejszej Łotwy. Część estońskich oddziałów kontynuowała walkę po ponownym zajęciu kraju przez Sowietów, tworząc antykomunistyczną partyzantkę, którą zdołano zlikwidować dopiero w drugiej połowie lat 40. i na początku lat 50.

Estoński opór wobec Sowietów wspierała nie tylko III Rzesza, lecz okresowo także Finlandia, mająca własne rachunki krzywd z ZSRR. Po ponownej okupacji sowieckiej wielu estońskich żołnierzy trafiło do łagrów lub zostało deportowanych, a pamięć o „leśnych braciach” przetrwała w estońskiej świadomości jako symbol walki o niepodległość.

Białoruś
Ziemie białoruskie zostały opanowane przez niemiecką Grupę Armii „Środek”, której celem była Moskwa. Białoruska świadomość narodowa dopiero się kształtowała, a bolszewicy po 1917 roku skutecznie tłumili wszelkie próby tworzenia niezależnych struktur politycznych. Część ludności początkowo witała Wehrmacht w 1941 roku z nadzieją na poprawę sytuacji po sowieckim terrorze, jednak szybko okazało się, że okupacja niemiecka przyniesie jeszcze większe cierpienia.

Znaczną część Białorusi włączono do Ostlandu jako Generalny Komisariat „Białoruś”. Jego cywilnym szefem został Wilhelm Kube, polityk NSDAP odstawiony wcześniej na boczny tor. Reżim, który współtworzył, był niezwykle brutalny. Na wszelkie akcje radzieckiej partyzantki Niemcy odpowiadali pacyfikacjami wsi i masowymi egzekucjami. Równolegle organizowano białoruskie formacje pomocnicze, w tym policję i oddziały samoobrony, które brały udział w pacyfikacjach oraz w ochronie obozów koncentracyjnych i gett. Wielu Białorusinów służyło jako strażnicy w obozach zagłady, wykazując się często skrajnym okrucieństwem.

Jednocześnie Kube, chcąc zyskać poparcie części społeczeństwa, wspierał rozwój białoruskiego szkolnictwa, prasy i organizacji kulturalnych, co wywoływało konflikt z radykalnymi kręgami SS, domagającymi się pełnej germanizacji „Przedbałtyki”. Według części badaczy Kube niechętnie odnosił się do najbardziej brutalnych metod eksterminacji Żydów na swoim terenie, choć odpowiadał politycznie za całość systemu terroru. Jesienią 1943 roku został zamordowany w Mińsku przez radzieckich partyzantów, którzy podłożyli bombę w jego sypialni. Po jego śmierci represje wobec ludności, w tym wobec Żydów, jeszcze się nasiliły.

Latem 1944 roku Armia Czerwona rozpoczęła operację „Bagration”, która doprowadziła do rozgromienia Grupy Armii „Środek” i zniszczenia kilkudziesięciu niemieckich dywizji, otwierając drogę na ziemie polskie. Straty Wehrmachtu były tak ogromne, że część związków taktycznych praktycznie przestała istnieć. Jednocześnie nowe władze sowieckie rozpoczęły na Białorusi własną kampanię represji, wymierzoną zarówno w kolaborantów, jak i w realnych lub domniemanych przeciwników reżimu.

Ukraina
W niemieckich planach Ukraina miała być jednym z głównych obszarów kolonizacji oraz zapleczem surowcowym i żywnościowym dla przyszłego „imperium na Wschodzie”. Plany zakładały podział terytorium między różne struktury administracyjne. Rumunia, sojusznik III Rzeszy, odzyskała Bessarabię i północną Bukowinę, utracone w 1940 roku na mocy ultimatum sowieckiego. Zachodnią część Ukrainy, w tym Lwów i okolice, włączono w 1941 roku jako Dystrykt Galicja do Generalnego Gubernatorstwa. Wschodnie i centralne obszary Ukrainy utworzyły Reichskommissariat Ukraine ze stolicą w Równem (później w Kijowie), którym rządził Erich Koch, znany z wyjątkowej brutalności. Pozostałe tereny frontowe podlegały bezpośrednio dowództwu wojskowemu.

Niemcy od początku nie zamierzali traktować Ukraińców jako równorzędnych sojuszników. Zakładano masową eksploatację kraju, wywóz surowców, żywności i siły roboczej, a w dalszej perspektywie częściową germanizację i wysiedlenia. Oddziały Einsatzgruppen, wspierane przez lokalne formacje policji pomocniczej, przystąpiły do fizycznej likwidacji ludności żydowskiej oraz komunistów i „elementu niepożądanego”. Jedną z najbardziej znanych zbrodni był mord w wąwozie Babin Jar pod Kijowem, gdzie 29 i 30 września 1941 roku zamordowano 33 771 Żydów, a do 1943 roku liczba ofiar, w tym Romów, jeńców radzieckich i członków podziemia, przekroczyła 70 tysięcy.

Na Ukrainie działało kilka ośrodków politycznych. Część ukraińskich nacjonalistów liczyła na to, że współpraca z Niemcami doprowadzi do utworzenia niepodległego państwa. Tworzono ukraińskie formacje policyjne i pomocnicze, wykorzystywano przywódców Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów (OUN), choć Stepan Bandera został wkrótce po ogłoszeniu „aktu odnowienia państwa” uwięziony przez Niemców. W 1943 roku powstała dywizja Waffen SS „Galizien”, złożona głównie z ukraińskich ochotników z Galicji. Dywizja ta, później przemianowana na 14. Dywizję Grenadierów Waffen SS, walczyła przeciw Armii Czerwonej i partyzantce, a jej pododdziały brały udział w pacyfikacjach wsi i zbrodniach na ludności cywilnej.

W późnym okresie wojny próbowano stworzyć większe, zjednoczone formacje ukraińskie pod nazwą Ukraińskiej Armii Narodowej, jednak realne znaczenie wojskowe tych struktur było ograniczone. Równolegle działały radzieckie oddziały partyzanckie, ukraińska partyzantka nacjonalistyczna oraz polskie oddziały Armii Krajowej. Na wielu obszarach doszło do spirali przemocy, odwetu i kontr odwetu między Niemcami, Sowietami, ukraińskimi nacjonalistami i polskim podziemiem.

Armia Czerwona zapłaciła za odbicie Ukrainy ogromną cenę krwi, o czym świadczą ciężkie walki o Kijów, Charków czy Kamieniec Podolski. Po ponownym zajęciu tych terenów władze sowieckie wprowadziły własny system represji, obejmujący zarówno rzeczywistych kolaborantów, jak i szerokie kręgi społeczeństwa, podejrzewane o „nielojalność” wobec ZSRR.